1959 yılında Giresun Bulancak'ta doğdu. İlk ve orta öğrenimini tamamladıktan sonra 1979’da İstanbul Üniversitesi edebiyat fakültesi tarih bölümünün "yeniçağ tarihi" kürsüsünden mezun oldu. 1981’de yeniçağ tarihi kürsüsüne asistan olarak girdi. 1985'te "16. yüzyılda Manisa ve yöresinin sosyal ve ekonomik tarihi" başlıklı teziyle doktor ünvânını aldı. 1987’de "yeniçağ tarihi" anabilim dalına yardımcı doçent olarak atandı. 1989’da doçent unvanını almaya hak kazanan Emecen, 1995'te aynı anabilim dalında profesör kadrosuna atandı. 2012 şubatında kendi isteğiyle emekliye ayrıldı. Halen İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'nde görev yapmaktadır. Çalışma sahasını klasik dönem Osmanlı tarihi teşkil etmekte olup bu alanla ilgili pek çok araştırma ve makaleleri yayımlanmıştır. 1994-2000 yılları arasında İstanbul Üniversitesi'nde dekan yardımcılığı, 2006-2007'de Avrasya Enstitüsü'nün müdürlüğünü yaptı. 16 Mart 2012'den itibaren İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi'nin edebiyat fakültesi dekanlığını yürütmektedir. Prof. Dr. Feridun Emecen, 1995'te Türk Tarih Kurumu üyesi, 2012'de Türkiye Bilimler Akademisi aslî üyesi[2] oldu. Osmanlı bürokrasisi, hânedânı, şehir tarihi, sosyal yapı, siyâsî yönelimler, Osmanlı-Avrupa ilişkileri, Osmanlı devrinde Balkanlar ve ortadoğu dünyası gibi konularda kitap ve makaleleri mevcuttur.
